CONTENTS
- 1. 중소기업M&A
- - 중소기업이 M&A를 하는 이유
- 2. 중소기업M&A 방식과 절차
- - 중소기업M&A 절차
- - 중소기업M&A 소요 기간
- 3. 중소기업M&A 세금 이슈
- - 양도자 측 세금 이슈
- - 인수자 측 세금 이슈
- - 중소기업 M&A 주요 세제 혜택
- 4. 중소기업M&A 전문가 조력이 필요한 이유
1. 중소기업M&A

중소기업M&A란 Mergers(합병)와 Acquisitions(인수)의 약자입니다.
-합병: 두 개 이상의 기업이 하나로 합쳐져 새로운 법인(또는 존속 법인)으로 되는 것
-인수: 한 기업이 다른 기업의 주식 또는 자산을 매입해 경영권을 확보하는 것
중소기업에게 M&A는 기술 확보, 신사업 진출, 시장점유율 확대, 규모의 경제 실현이라는 전략적 목표를 단기간에 달성할 수 있는 방법입니다.
예를 들어 관련 인허가를 이미 보유한 회사를 인수하면 신규 사업 진출 시 행정 절차와 시간을 대폭 단축할 수 있습니다.
중소기업이 M&A를 하는 이유
중소기업은 M&A를 통해 비교적 빠르고 효율적으로 신사업에 진출할 수 있습니다.
자체적으로 신사업을 시작하는 데 드는 시간과 비용을 줄이고, 기존 기업을 인수함으로써 관련 인허가나 진입장벽을 단축하거나 우회할 수 있기 때문입니다.
또한, 경쟁사 또는 관련 기업을 인수함으로써 시장 점유율을 확대하고, 규모의 경제를 실현할 수 있습니다.
이를 통해 가격 경쟁력을 높이고, 운영 효율성을 개선하는 등의 효과를 기대할 수 있습니다.
M&A는 새로운 기술과 숙련된 인력을 확보하는 데에도 효과적인 전략입니다.
기술력이나 노하우를 보유한 회사를 인수하면 자체적으로 기술을 개발하거나 인력을 육성하는 데 드는 시간과 자원을 절감할 수 있습니다.
이처럼 중소기업에게 M&A는 빠르게 변화하는 산업 환경에 대응하고 성장 기회를 확보하는 중요한 전략적 수단이 됩니다.
2. 중소기업M&A 방식과 절차

중소기업M&A 방식을 살펴보겠습니다.
구분 | 설명 | 장점 |
주식양수도 | 기존 주주의 주식을 인수해 경영권 확보 | 절차 간단, 사업 인허가·계약 관계 그대로 승계 |
자산양수도 | 사업에 필요한 자산·부채를 선별 인수 | 불필요한 부채·위험 제외 가능 |
합병 | 두 회사가 법적으로 하나의 회사로 통합 | 법인격 통합, 세제 혜택 가능 |
적격합병/분할 | 세법상 요건 충족 시 세금 감면 | 양도소득세·증권거래세 감면 가능 |
중소기업M&A 절차
중소기업M&A에서 가장 먼저 해야 할 것은 타깃 기업을 선정하는 것입니다.
기업의 경쟁력 강화에 도움이 될법하거나 비전에 부합하는 기업을 찾아야 합니다.
중소기업M&A에서 가장 중요한 단계로서 충분한 시장 조사를 진행해야 적합한 타깃 기업을 선정할 수 있습니다.
기업을 선정했다면 선정된 기업을 대상으로 재무적, 기술적 측면 등을 조사하여 기업의 가치를 평가해야 합니다.
이는 검토 단계로서 M&A로 얻을 수 있는 잠재적 가치 또는 위험 요소들을 파악할 수 있습니다.
이후 M&A를 위해 가격협상에 들어서야 합니다.
해당 기업과 합병 또는 인수에 대한 조건들을 설정하고, 가격을 협상해야 합니다.
이때 양측 다 만족할 수 있도록 협력적으로 타협하는 것이 중요합니다.
이러한 절차들을 밟아 중소기업 M&A를 성사시킬 수 있습니다.
▶실사 체크 리스트 예시
항목 | 주요 점검 내용 |
재무 | 재무제표, 부채 현황, 미지급금 |
세무 | 미납 세금, 세무조사 이력 |
법률 | 진행 중 소송, 계약 위반 위험 |
노무 | 근로계약, 퇴직금, 노사분쟁 |
규제 | 인허가 현황, 유효기간 |
중소기업M&A 소요 기간
M&A는 각 회사의 사정과 시장상황에 따라 소요되는 기간이 달라질 수 있습니다.
하지만 보통 1년 이상의 기간이 소요됩니다.
만약 대상 기업이 이미 정해져 있거나 적합한 인수자를 바로 찾을 수 있다면 4~5개월 내 M&A가 완료될 수도 있습니다.
보통은 1년 이상의 기간을 두고 중장기 전략으로 접근하는 것이 좋습니다.
3. 중소기업M&A 세금 이슈

중소기업M&A 과정에서는 양도자와 인수자 모두에게 다양한 세금 문제가 발생합니다.
주요 세금 항목은 다음과 같습니다.
양도자 측 세금 이슈
▶ 양도소득세
비상장주식의 경우, 시가 산정 방법에 따라 과세 금액이 크게 달라질 수 있어 주의가 필요합니다.
양도소득세율은 보유 기간과 주식의 종류에 따라 다르게 적용되므로, 거래 시점을 신중히 선택해야 합니다.
▶ 법인세 (양도차익에 대한)
법인세율은 과세표준에 따라 차등 적용되며, 중소기업 특례 세율도 고려해야 합니다.
또한 자산 양도 차익, 합병 차익 등에 대해서도 법인세가 부과될 수 있으므로, M&A 구조에 따른 과세 영향을 면밀히 검토해야 합니다.
▶ 증권거래세
예를 들어, 적격합병이나 분할 등의 요건을 충족하면 증권거래세 면제가 가능합니다.
인수자 측 세금 이슈
▶ 취득세
다만, 특정 조건을 만족하는 M&A의 경우 취득세 감면 혜택을 받을 수 있습니다.
1. 「농업협동조합법」, 「수산업협동조합법」 및 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 간의 합병
2. 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 간의 합병
3. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 간의 합병 등
▶ 세무 실사
M&A 이후 발생할 수 있는 불확실한 세금 부담을 줄이기 위해 매우 중요한 과정입니다.
중소기업 M&A 주요 세제 혜택
중소기업 M&A 세제 혜택을 살펴보겠습니다.
▶중소기업 간 통합 시 양도소득세 이월과세
중소기업 간 법정 요건을 충족하는 통합으로 소멸 기업이 보유한 사업용 고정자산을 통합법인(또는 존속법인)에 넘기는 경우, 발생한 양도소득세 납부를 뒤로 미루는 제도입니다.
-중소기업의 범위: 중소기업기본법상 중소기업(소비성 서비스업 제외)
-주된 자산 전부 승계 → 사업 동일성 유지
-소멸 기업이 통합 후 법인의 주주/출자자일 것
-취득 주식·지분가액 ≥ 소멸 기업 순자산가액
법인세 신고 시 이월과세 적용신청서를 제출하면 됩니다.
▶기술혁신형 중소기업 M&A 세액공제
기술혁신형 중소기업 범위는 아래와 같습니다.
-벤처기업 인증
-기술혁신형 중소기업 인증
-연구·인력개발비 비율 5% 이상
-관련 법령상 기술 인증 보유
▶소재·부품·장비 기업 출자·인수 세액공제
① 공동출자 시
-대상: 둘 이상의 내국법인이 공동으로 소재·부품·장비 관련 중소·중견기업 주식을 취득
-공제율: 취득가액의 5% 법인세 공제
-조건:
연구·인력개발·시설투자 목적
유상증자 방식으로 주식 취득
투자자·피투자자 간 특수관계인 아님(공동투자 후 특수관계는 예외)
② 해외기업 인수 시
-대상: 소재·부품·장비 관련 외국법인 주식·사업 인수
-공제율: 인수가액의 중소기업: 10%, 중견기업: 7%, 대기업: 5%
4. 중소기업M&A 전문가 조력이 필요한 이유
중소기업 M&A는 절차와 법률 구조가 복잡하고 세금·재무 리스크가 뒤따르기 때문에 전문가의 조력이 필수적입니다.
인수·합병 과정에서는 기업 지분과 자산 이전, 채무 승계, 인허가 변경, 계약 구조 설계 등 다양한 법적 쟁점이 발생하며 이를 잘못 처리하면 불필요한 세금 부담이나 분쟁으로 이어질 수 있습니다.
또한 양도소득세, 법인세, 취득세, 증권거래세 등 다양한 세목이 적용되는데 세제 혜택을 받기 위해서는 기한과 요건을 철저히 준수해야 하므로 세무·회계 전문가와의 협력이 필요합니다.
더불어 재무제표에 드러나지 않는 부실채무, 미해결 소송, 규제 위반 이력 등 숨겨진 리스크를 사전에 발견하려면 철저한 실사가 필수입니다.
전문가의 참여는 협상 과정에서도 법률적 근거와 시장 사례를 바탕으로 유리한 조건을 확보하고 거래 성사율을 높이는 데 기여합니다.
법률·세무·재무·기술 분야를 아우르는 전문가 조력은 중소기업 M&A를 안전하고 성공적으로 이끄는 핵심 요소라 할 수 있습니다.
법무법인 대륜은 로펌 소속 회계사, 세무사가 M&A변호사와 협업하기에 M&A 관련 필요한 모든 서비스를 원스톱으로 제공받을 수 있습니다.
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